출어 전, 선장 또는 갑판장의 지휘, 감독 아래 자망(어획 대상 물고기의 몸 둘레보다 작은 입구를 한 그물) 및 어구(부표, 부자, 침자, 표시등)를 수선하고 선체를 보수한다. 항해 중 조타실에서 당직을 수행한다. 안개, 비바람 등 기상조건 악화 시에는 선박의 선수, 선미에서 견시(망보기)를 한다. 일몰 전 조업수역에 도착하면 자망을 갑판에 배열하여 필요한 길이로 연결하여 투망 준비를 한다. 어군이 탐색되면 선장의 지휘에 따라 풍향에 따라 후진하면서 어군의 진행 방향을 추정하여 투망을 한다. 투망이 끝나면 망의 한끝을 배에 묶어 그물과 함께 표류하고 표시등을 달아 그물의 이상 유무를 확인한다. 일정 시간 경과 후 어류가 포획되면 윈치(Winch:로프를 원통에 감아올려 중량물을 끌어올리거나 도르래를 끼워 매다는 기중기의 일종) 또는 인력으로 자망을 갑판 위로 끌어 올린다. 꽁치, 멸치, 명태 등을 대상으로 하는 자망어업은 어획물을 그물과 함께 실어 귀항 후 그물과 어획물을 분리·정돈한다. 조기, 삼치 등을 대상으로 하는 자망어업은 갑판에서 직접 분류하여 소금, 얼음 등으로 저장·처리한다.