수질의 오염분석을 위한 적정 기법을 확인하고 수질오염 현황을 조사한다. 하천, 하천유역, 댐, 지하수, 정수처리시설, 하수처리시설, 폐수처리시설 등의 유기물, 중금속, 미량유기오염물질 등 수질실험, 부영양화(수중생태계의 영양물질이 증가하여 조류가 증식하는 현상) 원인물질 분석 등의 수질오염도를 측정한다. 수질의 생태독성 실험을 위하여 물벼룩 등을 배양하고 독성실험을 수행한다. 각종 분석용 장비 및 시설을 유지·관리한다. 실험용 시약을 제조하고 관리한다. 수질검사를 통하여 분석된 각종 자료를 관련 부서 및 기관의 요청에 따라 제공한다. 분석값의 일정한 정확도와 정밀도를 유지하기 위한 정도관리를 수행한다.