버섯종균 종류에 따라 톱밥, 면실피, 미강 등 관련을 선택한다. 버섯종균에 사용되는 적정 원재료 선택, 구입과 적합한 배합비율로 혼합한다. 종균 제조용 원재료를 적정한 수분공급으로 혼합, 입봉 또는 입병과 살균 및 냉각하고 적절한 버섯종균을 접종하여 일정기간 배양한다. 종균용 톱밥배지의 충전도, 종균저장기간, 종균제조기간에 따라 배지의 수분함량을 조절한다. 초자병에 자동주입기를 사용하여 일정량의 배지를 넣고 산소공급을 원활하게 해주기 위하여 배지 중앙에 압봉으로 구멍을 뚫어 준다. 고압멸균기로 고온 처리하여 멸균시키고 급냉 시킨다. 살균된 배지에 잡균의 오염을 방지하기 위하여 알코올램프, 핀셋, 수갑, 마스크, 가운, 위생모 등을 착용하고 무균접종실에서 균사를 배지 중앙에 접종한다. 접종이 완료된 배지를 소독 처리된 항온실에서 잡균을 검사하고 균사를 발육시켜 종균을 생산한다. 선별된 종균을 일정크기의 박스에 담아 포장하고, 포장지에는 종자산업법에 제시한 품종명, 제배시 주의사항 등의 품질표시를 작성하여 출하한다.